副猪嗜血杆菌OMP5 基因的克隆及生物信息学分析
投稿时间:2013-03-21  
DOI:
中文关键词:  副猪嗜血杆菌  OMP5 基因  克隆  生物信息学分析
英文关键词:
基金项目:贵州省2011 年农业攻关项目资助[编号:黔科合NY字(2011)3103号];贵州省2010 年农业科技攻关项目[编号:黔科合NY字(2010)3042号]
作者单位E-mail
刘建 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
汤德元 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025 tdyuan@163.com 
罗险峰 贵州省动物疫病预防控制中心, 贵州 贵阳 550008  
曾智勇 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
李春燕 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
甘振磊 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
王凤 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
郝飞 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
王洪光 贵州大学动物科学学院, 贵州 贵阳 550025  
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中文摘要:
      根据GenBank 上公布的副猪嗜血杆菌外膜蛋白OMP5 基因的核苷酸序列,设计1 对特异性引物,对贵州省HPS 分离株OMP5 基因进行扩增。结果表明所扩增的OMP5 基因的长度为1116 bp,与SH0165 株对应的核苷酸序列和氨基酸同源性均为100%。生物信息学分析结果表明,OMP5 基因所编码的外膜蛋白P5 的理论等电点pI为9.34,不稳定系数为20.44,推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为83.94,总体平均亲水性为-0.172,推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有丰富的α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲,无跨膜区,最前端的21 个N-末端氨基酸残基为信号肽序列并且主要为疏水性氨基酸,最佳切割位点在第21~22 个氨基酸之间;结构位点预测表明该蛋白含有多个不同的糖基化和磷酸化位点。
英文摘要:
      
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