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| 副猪嗜血杆菌OMP2基因的克隆及蛋白结构预测 |
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| 投稿时间：2012-10-30 |
| DOI： |
| 中文关键词: 副猪嗜血杆菌 OMP2 基因 克隆 生物信息学分析 |
| 英文关键词: |
| 基金项目:贵州省2011 年农业攻关项目资助[编号:黔科合NY字(2011)3013 号];贵州省2010 年农业科技攻关项目[编号:黔科合NY 字(2010)3042 号] |
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| 中文摘要: |
| 根据GenBank 上发表的副猪嗜血杆菌(HPS) 全基因组序列中的外膜蛋白OMP2 基因的核苷酸序列, 利用Premier Primer5.0 和Oligo6.0 软件设计1 对特异性引物, 对从贵州省分离的HPS 的OMP2 基因进行扩增、克隆、测序和生物信息学分析。测序结果比表明, 扩增的HPS 分离菌株目的基因长度为1 092 bp, 共编码363 个氨基酸, 与GenBank 上公布的SH0165 株(NC_011852)中对应的核苷酸序列同源性为99.8%, 氨基酸同源性100%。生物信息学分析结果表明, OMP2 外膜蛋白的分子质量为39087.45 Daltons, 理论等电点pI 为9.21, 不稳定系数为16.73, 推测其为稳定性蛋白;脂肪指数为70.63, 总体平均亲水性为-0.494, 推测该蛋白是一种亲水性蛋白;该蛋白含有α-螺旋、β- 折叠、β- 转角和无规则卷曲, 柔性区域较多, 呈散在分布, 有8 个主要的抗原表位;OMP2 外膜蛋白序列最前端的19 个N- 末端氨基酸残基为信号肽序列, 最佳切割位点在19 ～ 20 个氨基酸, 且信号肽区域主要为疏水性氨基酸;该蛋白无跨膜区;预测OMP2 外膜蛋白可能含有4 个N-糖基化位点、1 个cAMP 和cGMP 依赖性蛋白激酶磷酸化位点、8 个蛋白激酶C 磷酸化位点、7 个酪蛋白激酶II 磷酸化位点、1 个酪氨酸激酶磷酸化位点、9 个N- 肉豆蔻酰化位点。 |
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